反对者提出寒武纪物种大爆发这一事实来质疑生物进化论，所谓寒武纪物种大爆发是指在5.3亿到5.1亿年的寒武纪层的化石里，突然出现种类繁多的生物：蜗牛，三叶虫，海绵，蚯蚓，水母等很多无脊椎动物科学而在之前的时间，除了单细胞的生物外，不能找到别的任何生物的化石，这就犹如生物物种突然爆发一样，要是生物进化论是正确的，就应该有生物逐步进化的化石证据啊，怎么什么都没有啊？
支持者则说即使是寒武纪的生物也不是同时出现的，相互间前后也差了好几百万年呢，寒武纪只存在着少数几种原始的脊索类动物，而丰富多彩的脊椎动物，包括鱼类，爬行类、哺类、两栖类、鸟类都是寒武纪后经过几亿年的时间进化来的。
反对者又提出眼睛的问题，说生物体的构造十分复杂，很多生物器官都需要各种恰到好处的配合才能正常发挥功能。眼睛就是最好的例子。眼睛由眼睑、眼毛、眼膜、晶状体、视网膜等细的结构组成，眼睛的功能是任何最高级的照相机无法企及的。但按进化论的观点，眼睛的结构与功能也是一点点地进化来的。可是，眼睛的各部分以及它与大脑的联系等怎么都那么凑巧地同时进化到这样准确的程度使眼睛有正常的功能呢？其中任何一部分配合稍差一点，这么复杂巧妙的器官怎么能是进化来的呢？如果是进化来的。完美进化的概率相当于给出许多只猴子，每只猴子一台打印机，让他们敲打出莎士比亚巨著那么困难。
支持者则反驳说，不完善的眼睛也能发挥出作用，轻度近视要好过高度近视，高度近视要好过失明，不完善的眼睛也作用，比如黑暗洞的盲鱼，扇贝的眼睛，只能区分光明和黑暗，但它就可以凭此区分白天和黑夜，躲避敌人，如果再白天，突然变暗，就有可能是敌人来袭，提示它该躲避了，至于眼睛进化的概率，支持者给出了无限猴子理论，假设有足够多的猴子和足够多的打字机，它们就有可能打出莎士比亚的全部著作。
有一个名叫杰西-安德森的美国人开发了一款电脑程序，安德森运用亚马逊云计算系统设计了数百万只“猴子”，它们能够随机打出由9个字母组成的字母序列。该程序随后将这些序列与莎翁的作品进行参照比对，一旦它们与莎翁作品中的任何只言片语相吻合，程序便会将这些字母序列从猴子的“工作单”上移除。据此果真可以达到理论上的效果。
具有讽刺意味的是，2003年，英格兰艺术委员会支付了2000英镑以资助无限猴子定理的现实版测试。科学家选取了六只苏拉威西猕猴进行打字测试，但该实验仅持续了一个月。
这些猕猴打出了五页几乎是由字母s所组成的字符序列，但几乎没打出一个像样的英文单词。不仅如此，这些家伙还把计算机糟蹋得不成样子，键盘也被它们当成了屎盆子。
反对者又提出基因理论：一只羊从远古基因传递至今，它还是一只羊，并没有站起来像人一样直立行走，像人一样满脑子充满思想。物种取决于基因，但基因本不进化，不同个体的遗传密码会有差异，但差异绝对不会超出物种的范围，老虎的后代永远是老虎，生不出狮子来，尽管它们都是猫科。虽说人类和黑猩猩基因很像，据说相似百分之九十九，但就是那百分之一是绝对不可能逾越的物种界限。
而且不同动物间的杂交也不大可能，驴和马杂交的后代是骡子，骡子没有生育能力，如何能繁殖下一代？
对此，支持者则给出了证据，不同物种的杂交已经实现，比如说郁金香就是通过物种间杂交获得的，大西洋北部的法罗群岛原来没有家鼠，250年前家鼠跟着人类来到岛上，现在该岛的家鼠与普通的家鼠在形态结构上已经有很大的不同，现在有的分类学家已经把它划分为新物种。
总之在关于达尔文生物进化论的这张辩论上，支持者还是占了上风，并且达尔文的生物进化论也为科学界所公认。
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